发包人未经竣工验收擅自使用工程,是否仍然可以扣留质量保证金?

:可以按照合同约定扣留质量保证金。 

【法律依据】《工程质保金管理办法》第二条第一款本办法所称建设工程质量保证金以下简称保证金是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定,从应付的工程款中预留,用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。