有权扣除。但发包人必须证明:①该质量缺陷是承包人施工原因导致的②发包人在缺陷责任期内通知了承包人对质量缺陷进行修复。承包人收到通知拒绝修复，发包人可以从质量保证金中扣除修复费用，费用超出质量保证金的，发包人还可以向承包人索赔。
《工程质保金管理办法》第九条缺陷责任期内，由承包人原因造成的缺陷，承包人应负责维修，并承担鉴定及维修费用。如承包人不维修也不承担费用，发包人可按合同约定从保证金或银行保函中扣除，费用超出保证金额的，发包人可按合同约定向承包人进行索赔。承包人维修并承担相应费用后，不免除对工程的损失赔偿责任。
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