以物抵债协议违反法律、行政法规的禁止性规定的,协议无效。因此,承包人在签订以物抵债协议时,应当注意以下问题。

首先,以物抵债协议必须是在工程款债务履行期限届满后签订,否则容易触发《民法典》规定的“流质、流押条款”及《建设工程司法解释一》规定的“黑白合同”条款的适用从而导致以物抵债协议无效。承包人在判断工程款债务的履行期是否届满时,应注意是否满足以下三个条件:第一,承包人已完成施工任务,向发包人交付质量合格的建设工程成果;第二,承包人与发包人已完成最终结算,明确欠付工程款的具体数额;第三,承包人与发包人约定的工程款支付履行期节点已届至或履行期限已届满。当事人只有在满足以上三个条件时签订以物抵债协议,才能进一步减小以物抵债协议被认定无效的风险；

其次,当抵债物为商品房时,该商品房的开发商需已合法取得预售许可证否则会触发《商品房买卖合同解释》第2条规定的适用导致以物抵债协议无效:当然,若开发商在起诉前已取得商品房预售许可证的,以物抵债协议转化为有效合同；

最后,抵债物需是无任何权利瑕疵、能够保证权属转移无负担的“干净”财产,若抵债物上存在第三人的合法所有权或“物权期待权”,承包人对此明知还仍针对该抵债物与发包人签订以物抵债协议的,符合《民法典》第154条规定的“行为人与相对人恶意串通,损害他人合法权益”的适用前提,法律后果是物抵债协议无效。